《計算機信息系統使用管理規定》講解了涉密計算機信息系統應獨立由主管部門或單位管理和使用的必要性，并明確指出，該類系統不得以任何形式連接到國際互聯網，需要物理隔離。《計算機信息系統使用管理規定》描述了在與國際網絡相連的計算機中嚴禁存儲、處理或傳遞涉及國家秘密的信息，公眾網絡也不能發布或傳播此類機密內容。《計算機信息系統使用管理規定》指出了對于諸如磁盤、磁帶、光盤之類的秘密數據、資料載體，需嚴格按照相關“三密”文件的要求進行操作，涉及借閱、使用、復制、傳遞等一系列環節都要做好登記。《計算機信息系統使用管理規定》還明確了曾存儲過國家機密信息的計算機媒體不能下調其密級，并提出維修時要確保信息安全，在廢棄這些媒體前要按規定銷毀。此外，文件強調上網信息的保密按照“誰上網誰負責”的原則執行，同時強調信息內容必須經單位領導批準。
《計算機信息系統使用管理規定》適用于各企事業單位及政府機關等涉及國家秘密和關鍵數據保護的場所，主要覆蓋計算機信息系統的管理部門及直接操作人員。具體適用范圍涵蓋從事計算機信息系統運行管理、網絡安全維護、數據存儲、傳遞和銷毀的工作人員，尤其針對需要頻繁處理或接觸國家機密、商業機密及敏感數據的單位或部門，旨在強化相關人員對國家秘密信息的保密意識并確保信息安全。
